Skupština grada Zagreba donijela je, 28.veljače 1991., odluku o ukidanju tadašnjih sektorskih štabova TO i reorganizaciji Gradskog štaba teritorijalne obrane. Danom 1. ožujka 1991. počelo je ustrojavanje novog zapovjedništva i taj se datum službeno smatra danom formiranja GRADSKOG ŠTABA TO ZAGREB – kasnije ZAPOVJEDNIŠTVA OBRANE GRADA ZAGREBA.
Usporedo s poslovima formiranja operativnih postrojbi ustrojena su i četiri sektorska štaba. Ubrzo nakon smotre ZNG-a na stadionu NK Zagreb u Kranjčevićevoj, 11. lipnja 1991. GrŠTO na temelju odobrenih ustrojbenih knjiga počeo je s formiranjem brigada ZNG-a., 100., 101. i 102 brigade dok je već i prije postrojavanja prva formirana zagrebačka brigade bila 99. Brigada ZNG.
Dana 6. kolovoza 1991. Zapovjedništvo ZNG RH formira Zapovjedništvo Zagrebačkog korpusa, GrŠTO daje dio svoga kadra u zapovjedništvo ZK-a. ZOGZ je osim krupnih sastava kao što su brigade HV, vojno teritorijalna zapovjedništva ustrojio te borbeno angažirao znatne rodovske i specijalne postrojbe
99. brigada Hrvatske vojske utemeljena je 12. svibnja 1991. na području tadašnje općine, današnje gradske četvrti Peščenica – Zagreb i taj se datum obilježava kao Dan Brigade.
Mobilizacija brigade izvršena je 17. rujna 1991. na temelju zapovijedi ministra obrane RH. U 1991. mobilizirano je 2.686 vojnih obveznika, a tijekom Domovinskog rata (1991. – 1995.) kroz Brigadu je prošlo 8.260 branitelja. U vrijeme mobilizacije Brigada je imala status “R” brigade ZNG-a, a ustrojbeno je pripadala Zapovjedništvu Zagrebačkog korpusa ZNG-a te kasnije Hrvatske vojske.
Godine 1991. djelovala je na pokupskom ratištu, blokadi vojarni Borongaj-Zagreb i Pleso-Velika Gorica, novogradskom ratištu, 1992. na novogradiškom ratištu, sisačko-banovinskom ratištu, 1993. na slunjskom ratištu, 1994. na ličkom ratištu, 1995. na ličkom ratištu, vojno-redarstvenoj operaciji Oluja, osiguravala je željezničke pruge u Zdenčini, pretres Petrove i Zrinske gore, osiguranje državne granice u rajonu Dvora na Uni.
U Brigadi je tijekom Domovinskog rata poginuo 21 pripadnik; 1991. (11), 1992. (8), 
1994. (1) i 1995. (1) ukupno 21.
Zapovjednici Brigade:
- Krešimir Soldo,
- Stjepan Perković,
- Nermin Katadžić,
- Ivica Babić,
- Vlado Blažinović.
Brigada je 20. listopada 1996. primila Zahvalnicu Zapovjedništva Zbornog područja HV-a Karlovac. Zapovjedništvo 99. brigade, u suradnji s Hrvatskim časničkim zborom Peščenica organiziralo je dvije zapažene foto izložbe i izdalo dvije brošure o ratnom putu 99. brigade ZNG – HV-a.
Od strane predsjednika Republike Hrvatske Stjepana Mesića brigada je 2006. godine odlikovana Redom Nikole Šubića Zrinskog, a za iskazano 
junaštvo njezinih pripadnika u Domovinskom ratu.
Priznanje su dobili za “iskazano junaštvo pripadnika u Domovinskom ratu”. Na inicijativu Udruge hrvatskih branitelja Domovinskog rata 99. Brigade u srijedu 17. rujna 2014. godine, na križanju Ivanićgradske i Vukovarske ulice, kod spomen obilježja braniteljima iz gradske četvrti Peščenica – Žitnjak brigada je dobila i vlastiti spomen-park na zagrebačkoj Volovčici, preko puta Crkve Blaženog Augustina Kažotića u Ivanićgradskoj ulici.
Znak 99. brigade je nastao na novogradiškom ratištu 1992. godine, Znak ima oblik štita na kojem hrvatska zastava služi kao podloga na kojoj stoje poredani odozgo prema dolje natpis BRIGADA, ispod toga brojevima 99. Štit na dva dijela razdvajaju dva ukrštena mača ispod kojih je napisano ZAGREB. Dno znaka zauzima grb grada Zagreba. Jedna oznaka je vezena Jacquard tehnikom, a druga je rađena tehnikom sitotiska na svili. Autor grba 99. Brigade ZNG/HV je prerano preminuli pripadnik Brigade Kruno Komerički.
Udruga hrvatskih branitelja Domovinskog rata 99. brigade 2009. godine izdala je 
monografiju brigade pod nazivom “Tragom ratnoga puta Devedesetdevete brigade ZNG/HV” autora Slavka Peleha. U poglavljima knjige prikazan je ratni put brigade, od njenog osnutka do završetka Domovinskog rata. Ratni put brigade ispisan je pobjedama i događajima te ljudima, prvim zagrbačkim dečkima koji su stvarali Hrvatsku. Njihov motiv bilo je domoljublje, ponos i čast služiti hrvatskom narodu u prijelomnom povijesnom trenutku. Sadržajno ova knjiga prati kronologiju svih važnijih događaja u razdoblju Domovinskog rata u kojima je sudjelovala 99. Brigada ZNG/HV. Ona je na određeni način i odgovor na višegodišnje 
dezinformacije u Hrvatskom javnom prostoru gdje se pokušava zanemariti uzrok Domovinskog rata, izjednačiti odgovornost agresora i Hrvatske koja je bila žrtva. Tijekom rata više od 8000 branitelja nosilo je na rukavu časni grb ove brigade i uz njega krunicu, koja nam je davala vjeru u Boga i u pobjedu. U knjizi su navedena sva djelovanja na pokupskom, novogradiškom, sisačkom, slunjskom ratištu, kao i djelovanja u blokadama vojarni u Zagrebu te oslobađanju istih. Knjiga je doživjela dva različita izdanja te se može pronaći u knjižnicama grada Zagreba, kao i ostalim gradovima.
